Si tant est que l’analyse musicale soit une discipline à part entière, comme le suggère l’existence même des congrès européens d’Analyse musicale et de la communauté de chercheurs qu’ils rassemblent, cette discipline peut-elle être considérée comme autonome ? L’analyse musicale entretient tout d’abord des rapports avec la musicologie qu’il s’agira d’expliciter, aussi bien d’un point de vue scientifique qu’institutionnel. Dans quelle mesure correspond-elle encore à la branche de la « musicologie systématique » définie par Adler en 1885 ? L’analyse musicale possède également une longue tradition de dialogue interdisciplinaire avec différentes disciplines, issues aussi bien des sciences humaines que des sciences dites exactes. Or, quel est l’impact de ces disciplines et de leur évolution sur l’analyse musicale elle-même ?
Enfin, l’analyse musicale se trouvant régulièrement associée à la théorie musicale, il s’agira de clarifier la fonction de cette dernière au sein du processus et des pratiques analytiques. Est-elle la condition sine qua non d’une approche scientifique du phénomène musical ?
Ou bien la confrontation théorie-analyse reflète-t-elle des différences culturelles plutôt qu’épistémologiques, se traduisant par un certain nombre de « traditions » nationales ou liées à des aires géographiques et linguistiques ? De telles divergences ne traduisent-elles pas une forme d’immaturité de la discipline et le statut pré-scientifique de celle-ci ? La fragmentation de l’analyse en démarches de plus en plus inconciliables à laquelle on assiste n’est-elle pas doublée d’une incompréhension linguistique, d’intérêts de chapelle contraires à l’esprit de la recherche ?